1988年6月，借助正定縣衛生局的大力支持，他在正定縣城關開設了正定縣肝炎門診部，轉入以治療肝炎、肝硬化為主。當時的《石家莊日報》(《建設日報》)、《河北科技報》、《河北日報》先后對耿蘭書進行了采訪，多次刊登患者的感謝信及對耿蘭書的專題報道。
1991年，耿蘭書應邀在北戴河參加了全國首屆專科專病學術研討會，會議由時任衛生部部長的崔月犁主持。耿蘭書發表了用祖傳驗方“養肝退黃丸”治療高黃疸的學術論文，深受參會的衛生部領導的贊揚，肝病大師關幼波教授在大會上正式收耿蘭書為入門弟子。之后國家每年召開的醫學學術會議多次邀請耿蘭書參會，耿蘭書發表醫學論文多篇。
耿蘭書通過每年去北京向關幼波學習請教，耿蘭書醫學技術提高很快。1991年，“耿蘭書門診”搬到用于醫療和制劑的1000平方米的新樓房。當年7月，在石家莊市衛生局的大力支持下，創建了“石家莊市肝病研治中心”，并獲批建立了制劑室，實現了機械化制劑。從1992年起，河北電視臺、河北日報社、中央二臺、中央四臺、中央人民廣播電臺、人民日報社曾多次對耿蘭書進行采訪報道，當時的患者擴大到全國各省市。1994年8月，耿蘭書被聘請為“世界中醫學會理事”。自1995年3月起的以后幾年內，耿蘭書受國外衛生部門邀請，先后到美國洛杉機、加拿大多倫多、日本東京、法國巴黎、新加坡、泰國、香港等十幾個國家和地區多次參加國際學術研討會，發表的醫學論文多次獲得國際大獎。在1995年8月受國家衛生部的派遣，耿蘭書到韓國漢城(首爾)參加中韓首屆肝膽病學術研討會，參會的有中華醫學會領導、專家和國內各省衛生廳領導，他發表的“中藥治療肝硬化400例”學術論文，深受國家有關部門重視。回國后，河北省衛生廳就開始調研和審批，由他牽頭組建河北中醫肝病醫院。
1997年7月1日，“石家莊市肝病研治中心”更名為“河北中醫肝病醫院”，正式落成開業。
2009年，耿蘭書院長(左一)接受“河北省首屆名中醫”獎牌
大膽創新出奇跡
河北中醫肝病醫院充分突出中醫特色，科學地做到了中西醫結合，運用先進的療法，43個(常用的院內制劑35個)高療效的中成藥及具有獨特療效的辨證施治的70多個湯藥協定處方。
在搶救危重患者過程中，每年遇到靠以前的中西藥解決不了的新難題，醫護人員大膽創新，研治出新方藥，挽救了一個個危重患者的生命，使醫院的協定處方年年增加。這些特效方藥明顯改善了患者的生存質量，大大提高了患者的生存率，使患者縮短了服藥時間，縮短了住院時間。患者不但在短時間內得到了康復，而且減少了藥費開支。低藥費、高療效已經得到了廣大患者的認可。河北中醫肝病醫院治療重癥肝炎、肝硬化、頑固性胸腹水、中晚期肝癌病人的存活率高，復發率低，醫療費用低，已被患者所認可。多年來，河北中醫肝病醫院在全國各地的廣大肝病患者中享有良好的口碑，贏得了患者稱贊，得到了各級領導的信任和大力支持，榮獲了多項榮譽。
愛心奉獻筑“和諧”
真情服務患者，愛心奉獻社會，是河北中醫肝病醫院的辦院宗旨。1997年以來，醫院先后免費或墊費救助貧困患者2000多人次(包括來診路上遺失錢財的患者、搶救過程中醫療費不夠的患者、極貧困的危重患者等)。
——1999年4月，墊費搶救邢臺極肝硬化大量胸腹水的貧困患者，使其轉危為安，并繼續門診免費治療兩年，全部醫療費用6萬多元，在當時全院職工只有60余人的情況下，又為患者的女兒捐款3680元，助其上學;
——醫院與團省委聯合組織“百名專家進百村”巡回下鄉200多次;
——為貧困山區免費體檢，送醫送藥300多人次;
——多次參加省、市衛生部門組織的義診活動;
——先后協助在省內鄉村衛生院開設肝病防治春雨工程服務網點200多個，投資捐助服務站14個;
——1999年5月，醫院為正定縣貧困農村“奔小康”修路工程捐款30萬元;
——2003年“非典”期間，面對嚴重疫情，醫院主動請纓，承擔起了京石高速正定出口處“非典”監測任務，沒有要政府一分錢的補助，并向紅十字會捐款2萬多元;
——2002年4月，醫院再次主動請纓，肩負起承辦全省肝病防治“春雨工程”的重任;
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